高通量基因組測序中,什麼是測序深度和覆蓋

2021-03-06 23:52:08 字數 2180 閱讀 4061

1樓:匿名使用者

簡潔版:

深度即:測序得到的總鹼基數/基因組鹼基數 。也可以理解為將基因組測了幾遍。

測序深度能減少假陽性和測序錯誤率。                        覆蓋度原來是指基因/轉錄組上測序測到的部分佔整個組的比例,但是現在很多人把coverage也直接當depth用了。

詳細版:                                     depth嘛,就是被測基因組上單個鹼基被測序的平均次數,比如某樣本的測序深度為30x,那麼就是說該樣本的基因組上每乙個單鹼基平均被測序(或者說讀取)了30次,注意,是平均。當然了,depth也有最大和最小值,這個都可以由資訊分析得到。

coverage就好理解了,由於大片段拼接的gap、測序讀長有限、重複序列等問題的存在,測序分析後組裝得到的基因組序列通常無法完全覆蓋所有區域,覆蓋度就是最終得到的結果佔整個基因組的比例。例如乙個人的基因組測序,覆蓋度為98.5%,那麼說明該基因組還有1.

5%的區域通過我們的組裝和分析無法得到。

至於什麼演算法之類的,太深了,應該不用了解吧~~偶也寫不出來。。。:p

當然,轉錄組也同上,

2樓:豆穎環力學

可以簡單理解為深度是一條鏈上乙個鹼基檢測到的次數,

覆蓋度是你檢測到的這個樣本的總鹼基數的百分比

基因組測序中,什麼是測序深度和覆蓋度

3樓:小小大大

測序深度是指bai測序資料對基因組du覆蓋深zhi度,如人類基因組有dao3g,我們測了過濾回得到clean data 90g資料量,那麼答測序深度是90/3=30x,覆蓋度是,90g資料比對到人類參考基因組上,可以覆蓋基因組的比例,如覆蓋度80%

高通量基因組測序中,什麼是測序深度和覆蓋度

4樓:匿名使用者

可以簡單理解為深度是一條鏈上乙個鹼基檢測到的次數,

覆蓋度是你檢測到的這個樣本的總鹼基數的百分比

高通量測序中深度和覆蓋度是什麼意思

5樓:**ile我的愛人

可以簡單理解為深度是一條鏈上乙個鹼基檢測到的次數,覆蓋度是你檢測到的這個樣本的總鹼基數的百分比

重測序的深度與覆蓋度之間的關係

6樓:北京良徑化妝造型學校

測序深度可以理抄解為對一段序襲列上的區域重複檢測

的次數,比如乙個序列被上某個片段被檢測了30次就是30x,深度越大,越準確,覆蓋度就是對你的目的基因所覆蓋的程度,比如你的序列是有30bp但是由於測序的時候某些區域沒有測到,只測到了27bp大小片段,那就是27/30等於90%

為什麼高通量測序dna是深度,rna測序是多少m

7樓:倚雲昭陽攬雁聲

由於rna表達的時空和時間的特異性,所以不同時刻或者是同一時刻不同組織內rna表達的數目有著較大的差別,所以我們在說rna的測序資料量時就不能夠用測序深度來表示。一般在說rna測序時會說我們測了多少的cluster, 就是打斷後的rna分子。比如說某乙個rna樣本測序用了30m(30million)的cluster,採用雙端測序技術,就是每個cluster從兩端都測一次,每次測150bp,所以就會得到30m*2=60m的reads數,然後reads數乘以每條read的長度就是我們最後的測序資料量(鹼基數),即為60m*150=9g的鹼基數。

8樓:

基因組測序的測序深度一般是10x。

測序深度是指測序得到的總鹼基數與待測基因組大小的比值。假設乙個基因大小為2m,測序深度為10x,那麼獲得的總資料量為20m。

基因測序是一種新型基因檢測技術,能夠從血液或唾液中分析測定基因全序列,**罹患多種疾病的可能性,個體的行為特徵及行為合理,如癌症或白血病,運動天賦,酒量等。

基因測序中,測序深度為獼猴基因組「11.56倍」的覆蓋率是什麼意思?這裡的倍數是什麼意思?

9樓:量子天堂

假設乙個獼bai猴基因組共有a個鹼基,du那zhi麼這次測序共測出了dao11.56a個鹼基,相當於平內均每乙個鹼容基都被測了11.56次。

高通量測序是將基因組隨機打斷成小於150bp的片段,之後進行拼接,只有提高覆蓋率,才能保障拼接的準確性。

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