什麼是solexa測序技術什麼是Solexa測序技術

2021-03-06 23:52:08 字數 4797 閱讀 1497

1樓:匿名使用者

solexa 高通量測序法原理

solexa 方法是利用單分子陣列測試 genotyping ,此種測序法首先是將 dna 從細胞中提取,然後將其打斷到約 100 - 200bp 大小,再將接頭連線到片段上,經 pcr 擴增後製成 library 。隨後在含有接頭的晶元( flow cell )上將已加入接頭的 dna 片段繫結在 flow cell 上,經反應,將不同片段擴增。在下一步反應中,四種螢光標記的染料應用邊合成邊測序( sequencing by synthesis )的原理,在每個迴圈過程裡,螢光標記的核苷和聚合酶被加入到單分子陣列中。

互補的核苷和核苷酸片斷的第乙個鹼基配對,通過酶加入到引物上。多餘的核苷被移走。這樣每個單鏈 dna 分子通過互補鹼基的配對被延伸,利用生物發光蛋白,比如螢火蟲的螢光素酶,可通過鹼基加到引物後端時所釋放出的焦磷酸鹽來提供檢測訊號。

針對每種鹼基的特定波長的雷射激發結合上的核苷的標記,這個標記會釋放出螢光。螢光訊號被 ccd 採集,ccd 快速掃瞄整個陣列檢測特定的結合到每個片斷上的鹼基。通過上述的結合,檢測可以重複幾十個迴圈,這樣就有可能決定核苷酸片斷中的幾十個鹼基。

solexa 的這種方法,可在乙個反應中同時加入 4 種核苷的標籤,採用邊合成邊測序( sbs - sequencing by synthesis ),可減少因二級結構造成的一段區域的缺失。並具有所需樣品量少,高通量,高精確性,擁有簡單易操作的自動化平台和功能強大等特點,此反應可以同時檢測上億個核苷酸片斷 , 因此在同乙個晶元或幾個晶元上花費很少(只需常規方法的 1 %)的成本就可測試全基因組。

隨著 dna 測序表達譜產品( dna sequencing ,expression profiling )以及 microrna 分析平台 -solexa genome analysis system. 相繼問世,使得此種方法在更多的領域得到應用。

illumina公司的solexa測序技術為廣大使用者提供了強大的下一代測序方法,為目前遺傳分析和功能基因組等熱門研究領域的部分熱門課題提出了全新的應用方案。

測序與重測序

無論您需要測定的是整個基因組的序列還是基因組上乙個大片斷候選區域的序列, illumina genome analyzer系統都是當今世界上最先進、最經濟的平台。solexa測序技術和可逆中止化合物染料(reversible terminator chemistry)奠定了在下一代測序技術中高質量、高通量、低成本資料產出的基礎。

表達譜分析

通過對樣本中數以百萬計的cdna標籤同時進行序列測定,genome analyzer系統可以使您對整個轉錄組進行數位化的分析,而成本僅僅維持在與目前其他模擬化分析技術同樣的水平。由於我們的技術無需利用任何轉錄子特異性雜交探針,您可以同時進行全基因組轉錄子的發掘與定量分析,而無需事先知道基因組的注釋情況。

小rna鑑定與定量分析

solexa測序技術可以提供一套全新獨特的,適用於各個物種的小rna深度鑑定與定量分析研究平台。通過大量的平行測序,研究人員可以發掘、鑑定並定量出任何物種全基因組水平的小rna圖譜。應用這種低成本快速測定數百萬標籤序列的新方法,illumina genome analyzer提供了解密小rna圖譜獨一無二的方法。

**來寶網

2樓:不曾夨來過

在solexa測序中一段待測序列會接上2種接頭,在flowcell中也有和2種接頭互補的兩種oligo序列,首先是你的單鏈序列會和其中乙個oligo互補結合,然後合成第二條鏈,隨後將你的第一條鏈剪掉,鹼性溶劑洗去.第二條鏈就會和第二種接頭互補結合,就會形成一種橋型.

成橋有什麼優勢?成橋後可以控制的去除其中的一條,這樣測序就可以完成兩頭的測序.當然測序長度也就多了一倍.

454測序:dna文庫製備→empcr→上機測序solexa測序:文庫製備→cluster擴增→邊合成邊測序solid測序:

樣品製備→emulsion pcr和底物準備→測序反應→影象收集→資料分析

第二代基因測序技術的流程分別是什麼,四種,roche 454測序技術,illumina solexa測序技術,abi solid測序

3樓:匿名使用者

454測序:dna文庫製備→empcr→上機測序

solexa測序:文庫製備→cluster擴增→邊合成邊測序

solid測序:樣品製備→emulsion pcr和底物準備→測序反應→影象收集→資料分析

4樓:美美

這一句兩句能說清楚嗎,逗人玩呢吧

什麼是基因二代測序?

5樓:二凡的kiki妍

第二代測序為高通量測序,採用微珠或高密度晶元邊合成邊測序,代表有454,solexa,solid,高通量,可一次獲得數g資料,相對與第三代,都仍然需要擴增的方法放大訊號,擴增後再檢測。

第一代測序技術的主要特點是測序讀長可達1000bp,準確性高達99.999%,但其測序成本高,通量低等方面的缺點,嚴重影響了其真正大規模的應用。因而第一代測序技術並不是最理想的測序方法。

經過不斷的技術開發和改進,以roche公司的454技術、illumina公司的solexa,hiseq技術和abi公司的solid技術為標記的第二代測序技術誕生了。

第二代測序技術大大降低了測序成本的同時,還大幅提高了測序速度,並且保持了高準確性,以前完成乙個人類基因組的測序需要3年時間,而使用二代測序技術則僅僅需要1周,但在序列讀長方面比起第一代測序技術則要短很多。

1)測序文庫的構建(library construction)

首先準備基因組(雖然測序公司要求樣品量要達到200ng,但是gnome analyzer系統所需的樣品量可低至100ng,能應用在很多樣品有限的實驗中),然後將dna隨機片段化成幾百鹼基或更短的小片段,並在兩頭加上特定的接頭(adaptor)。如果是轉錄組測序,則文庫的構建要相對麻煩些,rn**段化之後需反轉成cdna,然後加上接頭,或者先將rna反轉成cdna,然後再片段化並加上接頭。片段的大小(insert size)對於後面的資料分析有影響,可根據需要來選擇。

對於基因組測序來說,通常會選擇幾種不同的insert size,以便在組裝(assembly)的時候獲得更多的資訊。

2)錨定橋接(su***ce attachment and bridge amplification)

solexa測序的反應在叫做flow cell的玻璃管中進行,flow cell又被細分成8個lane,每個lane的內表面有無數的被固定的單鏈接頭。上述步驟得到的帶接頭的dna 片段變性成單鏈後與測序通道上的接頭引物結合形成橋狀結構,以供後續的預擴增使用。

3)預擴增(denaturation and ***plete amplification)

新增未標記的dntp 和普通taq 酶進行固相橋式pcr 擴增,單鏈橋型待測片段被擴增成為雙鏈橋型片段。通過變性,釋放出互補的單鏈,錨定到附近的固相表面。通過不斷迴圈,將會在flow cell 的固相表面上獲得上百萬條成簇分布的雙鏈待測片段。

4)單鹼基延伸測序(single base extension and sequencing)

在測序的flow cell中加入四種螢光標記的dntp 、dna聚合酶以及接頭引物進行擴增,在每乙個測序簇延伸互補鏈時,每加入乙個被螢光標記的dntp就能釋放出相對應的螢光,測序儀通過捕獲螢光訊號,並通過計算機軟體將光訊號轉化為測序峰,從而獲得待測片段的序列資訊。從螢光訊號獲取待測片段的序列資訊的過程叫做base calling,illumina公司base calling所用的軟體是illumina』s genome analyzer sequencing control software and pipeline analysis software。讀長會受到多個引起訊號衰減的因素所影響,如螢光標記的不完全切割。

隨著讀長的增加,錯誤率也會隨之上公升。

5)資料分析(data analyzing)

這一步嚴格來講不能算作測序操作流程的一部分,但是只有通過這一步前面的工作才顯得有意義。測序得到的原始資料是長度只有幾十個鹼基的序列,要通過生物資訊學工具將這些短的序列組裝成長的contigs甚至是整個基因組的框架,或者把這些序列比對到已有的基因組或者相近物種基因組序列上,並進一步分析得到有生物學意義的結果。

6樓:贊的都帥

即第二代dna測序技術。

dna測序(dna sequencing)作為一種重要的實驗技術,在生物學研究中有著廣泛的應用。早在dna雙螺旋結構(watson and crick,1953)被發現後不久就有人報道過dna測序技術,但是當時的操作流程複雜,沒能形成規模。隨後在2023年sanger發明了具有里程碑意義的末端終止測序法,同年a.

m.maxam和w.gilbert發明了化學降解法。

sanger法因為既簡便又快速,並經過後續的不斷改良,成為了迄今為止dna測序的主流。

然而隨著科學的發展,傳統的sanger測序已經不能完全滿足研究的需要,對模式生物進行基因組重測序以及對一些非模式生物的基因組測序,都需要費用更低、通量更高、速度更快的測序技術,第二代測序技術(next-generation sequencing)應運而生。

這三個技術平台各有優點,454 flx的測序片段比較長,高質量的讀長(read)能達到400bp;solexa測序價效比最高,不僅機器的售價比其他兩種低,而且執行成本也低,在資料量相同的情況下,成本只有454測序的1/10;solid測序的準確度高,原始鹼基資料的準確度大於99.94%,而在15x覆蓋率時的準確度可以達到99.999%,是目前第二代測序技術中準確度最高的。

基因測序是一種新型基因檢測技術,能夠從血液或唾液中分析測定基因全序列,**罹患多種疾病的可能性,個體的行為特徵及行為合理。基因測序技術能鎖定個人病變基因,提前預防和**。

基因測序相關產品和技術已由實驗室研究演變到臨床使用,可以說基因測序技術,是下乙個改變世界的技術

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簡潔版 深度即 測序得到的總鹼基數 基因組鹼基數 也可以理解為將基因組測了幾遍。測序深度能減少假陽性和測序錯誤率。覆蓋度原來是指基因 轉錄組上測序測到的部分佔整個組的比例,但是現在很多人把coverage也直接當depth用了。詳細版 depth嘛,就是被測基因組上單個鹼基被測序的平均次數,比如某樣...

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nfc near field communication,近距離通訊技術 是脫胎於無線裝置間的一種 非接觸式射頻識別 rfid 及互聯技術,為所有消費性電子產品提供了乙個極為便利的通訊方式。商業智慧型軟體公司sas根據學術界日益增長的對bi程式低成本的要求,特別推出了針對院校及科研機構中小規模的科研...