物種的全基因組測序後,應該怎麼使用生物資訊學方法對其進行

2021-03-27 06:29:04 字數 2700 閱讀 9478

1樓:匿名使用者

仿照別人的呀,整體描述測序情況,有趣的功能基因組分析,功能基因驗證

2樓:府高原候麥

借用生物資訊學所涉及的分析方法對基因組進行分析,研究基因的功能、結構、進化等

chip-seq測序後該做哪些生物資訊學分析

3樓:匿名使用者

高通量資料型別主要包括基因晶元和基因測序,我估計你想知道的是具體的內容。

具體的內容其實是指的高通量測序技術的應用,例如microarray,rna-seq,exome-seq,target-seq,whole-genome-sequencing,巨集基因組,16s rna,microrna,lncrna測序等。

研究的問題就更五花八門了,像現在精準醫療的概念很火,主要是以基因測序為入口,後面的應用,例如產前診斷,孕前診斷等,甚至像親子鑑定,腫瘤靶標等都可以通過生物資訊學的分析手段來搞定。

生物資訊分析分為幾個層次,第乙個層次基本上就是用別人做好的成熟軟體,直接分析出你要的結果,再深入就是你會根據問題找到更合適的一些軟體或者模組,自己組建一些分析流程,包括自己寫一些輔助的程式指令碼,更深入的層次就是市面上沒有符合你要求的軟體或者統計演算法,你依據自己的需求,定製自己的分析過程,自己從頭開始寫基礎程式,寫統計演算法,寫模型等。到了這個程度就沒有那麼多限制了,主要比的是個人的思維想法以及眼界開闊程度。

現在也很多生物資訊的分析方法應用在大資料的各個領域。本質是各種統計思維方法的實現,找出特定的模式結果。

4樓:匿名使用者

首先進行質控過濾得到clean data;然後進行peaks calling,找出peaks;最後對這些peaks進行注釋。

高階分析包括peaks的富集等等等等

如何利用生物資訊學分析測序結果

5樓:伊人伴蝶偏起舞

目前國際上通用的基因組

de novo

測序方法有三種:

1.用illumina solexa ga iix測序儀直接測序;

版2.用roche gs flx titanium直接完成全權基因組測序;

3.用abi 3730

或roche gs flx titanium測序,搭建骨架,

再用illumina solexa ga iix進行深度測序,完成基因組拼接。

葉綠體基因組測序算不算生物資訊學

6樓:

首先進行來基因分類,比如說源編碼性基因占多大比例,非編bai碼性基因du

測序後得到的生物資訊不是自己想要的,問題出現在哪

7樓:匿名使用者

可能是你測序所用的材料,取得位置不合適,一般是過大,將你原本要測得資訊掩蓋了。

基因組學研究方法

世界首個茶樹基因組測序研究是何時開始的?

新一代測序中,基因從頭測序和重測序有什麼區別?我要做B肝病毒dna全長測序,應該選用哪種方法?

8樓:那年丶人已散盡

1、條件不同

從頭測序的條件是不依賴於任何物種基因組;重測序的條件是在已知物種基因組的情況下進行的。

2、病毒變異率不同

從頭測序是通過拼接和組裝的方式獲得基因組序列圖譜,病毒變異率很低;重測序可以尋找出大量的單核苷酸多型性位點,插入缺失位點,結構變異位點,拷貝數變異等變異資訊,從而獲得生物群體的遺傳特徵。病毒變異率很高。

B肝病毒在醫學上已經測過,只需要做重測序就可以。

9樓:匿名使用者

從頭測序是目前為止還沒有人測過那個物種的全基因組,沒有參考序列進行比對,需要自己組裝拼接後才能知道序列;而重測序是已經有人測過了,只需要重新測序,有參考序列了,只需要與參考序列比對。

B肝病毒好像是已經測過的,只需要做重測序就可以!

10樓:美吉生物

基因從頭測序也叫做基因de novo測序,是指不依賴於任何已知基因組序列資訊對某個物種的基因組進行測序,然後應用生物資訊學手段對測序序列進行拼接和組裝,最終獲得該物種基因組序列圖譜。

重測序是指在已知物種基因組的情況下,對物種內的不同個體或某個個體的不同組織進行基因組重測序,可以在全基因組水平上發現不同個體或組織細胞之間的差異。通過這種方法,可以尋找出大量的單核苷酸多型性位點(snp),插入缺失位點(indel,insertion deletion),結構變異位點(sv,structure variation),拷貝數變異(copy number variation,**v)等變異資訊,從而獲得生物群體的遺傳特徵。

病毒變異率很高,一般不用重測序,可以用de novo從頭測序。

11樓:匿名使用者

專業性東西,自己看看這個

資料

用 生物資訊學軟體 解決 乙個生物學問題

12樓:匿名使用者

你可以研究一下現今流感病毒及其變異體,看看哪個片段序列變異,最好知道功能哦!你說如何?

13樓:匿名使用者

genegazer是乙個,不過上網看了以後覺得貌似據

全外顯子測序的參考基因組是全基因組嗎

基因組測序的來測序深度一般自是10x。測序深度是指測序得到的總鹼基數與待測基因組大小的比值。假設乙個基因大小為2m,測序深度為10x,那麼獲得的總資料量為20m。基因測序是一種新型基因檢測技術,能夠從血液或唾液中分析測定基因全序列,罹患多種疾病的可能性,個體的行為特徵及行為合理,如癌症或白血病,運動...

全基因組甲基化測序需要做重複嗎,全基因組甲基化測序需要不加酸的對照嗎

不用做重複,但是要做正常對照,乙個是用酸處理的樣本,乙個不用酸處理的樣本作對照。全基因組甲基化測序需要不加酸的對照嗎 全基因組甲基復化測序結合了制亞硫酸氫鹽轉化 bisulfite conversion 方法與新一代高通量測序技術,可在單鹼基解析度水平上高效地檢測全基因組dna甲基化狀態。亞硫酸氫鹽...

人類進行基因組測序有什麼意義呢,全基因組測序的意義是什麼?

太專業的就不說了,樓上的說了很多,我問你人類登月有什麼意義?就為了上去照幾張相?撿點土?全基因組測序的意義是什麼?全基因組測序的意義是使人類從根本上認知疾病發生的原因,做到正確的 疾病 盡早的預防疾病。定義 全基因組測序是對未知基因組序列的物種進行個體的基因組測序。發展歷程 1986年,renato...