什麼是生物資訊學中的二級資料庫生物資訊學MPSS資料庫是什麼,有什麼作用

2021-03-09 23:33:55 字數 2185 閱讀 1745

1樓:浙大阿公尺巴

根據需抄要從一級資料庫中蒐集物件的相關資料集合而成的就是二級資料庫。

像genebank,embl這種都是不加選擇的一級資料庫,只要是實驗獲得的,不管什麼東西的序列,哪怕是不完整的序列都能上傳,而且它們的資料也有可能有重複。如果有某個人專門研究細菌的鑑定,需要用到正式被認可的16srdna序列,為了研究方便,把這些一級資料庫的各個種類細菌的公認標準16srdna序列的資料進行整理,重新構建了乙個資料庫,這就是所謂的二級資料庫。如果不構建,直接用一級資料庫做blast,就會得出很多未被承認甚至不完整的序列,還要人工乙個個看過去,找出公認的標準序列,這樣就很麻煩。

我舉得例子在現實中就是南韓的eztaxon。

2樓:洛克典

一、生物資訊學資料庫的種類

分子生物資訊資料庫種類繁多。歸納起來,大體可以分為4個大類:e5a48de588b662616964757a686964616f31333239303238

基因組資料庫

核酸和蛋白質一級結構資料庫

生物大分子(主要是蛋白質)三維空間結構資料庫

由上述3類資料庫和文獻資料為基礎構建的二級資料庫

一級資料庫(一次資料庫) :基因組資料庫來自基因組作圖,序列資料庫來自序列測定,結構資料庫來自x射線衍射和核磁共振等結構測定。這些資料庫是分子生物學的基本資料資源,通常稱為基本資料庫、初始資料庫,也稱一次資料庫。

二級資料庫(二次資料庫) :是在一級資料庫、實驗資料、理論分析的基礎上,衍生整理而得。它是根據生命科學不同研究領域的實際需要,對基因**譜、核酸和蛋白質序列、蛋白質結構以及文獻等資料進行分析、整理、歸納、注釋,構建具有特殊生物學意義和專門用途的資料庫。

一般說來,一級資料庫的資料量大,更新速度快,使用者面廣,通常需要高效能的計算機伺服器、大容量的磁碟空間和專門的資料庫管理系統支撐。

二級資料庫的容量則小得多,更新速度也不像一次資料庫那樣快,也可以不用大型商業資料庫軟體支援,這類針對不同問題開發的二次資料庫的最大特點是使用方便,特別適用於計算機使用經驗不太豐富的生物學家。

序列資料庫是分子生物資訊資料庫中最基本的資料庫,包括核酸和蛋白質兩類,以核苷酸鹼基順序或氨基酸殘基順序為基本內容,並附有注釋資訊。

genbank:由美國國家生物技術資訊中心(national center for biotechnology information, ncbi)建立(1979-1982)。該中心隸屬於美國國家醫學圖書館,位於美國家衛生研究院(nih)內。

embl:由歐洲分子生物學實驗室(european molecular biology laboratory, 其下有european bioinformatics centre)建立(1982),主要位於英國劍橋cambridge和德國漢堡hamburg。

ddbj:日本dna資料庫(dna data bank of japan)。由the national institute of ge***ics建立(1984-1987), nig主管。

二級資料庫的形式:大多以web介面為基礎,具有文字資訊、**、圖形、圖表等方式顯示資料庫內容。

一級資料庫與二級資料庫之間並無明確的界限。(例如:gdb、acedb、scop、cath等都已經具有二級資料庫的特色)。

3樓:匿名使用者

北京大學生物資訊中心有相關資訊介紹,請參見鏈結

,希望能夠對你專有所屬幫助。

生物資訊學mpss資料庫是什麼,有什麼作用

4樓:阿膠看到後

生物資訊學中kog資料庫

是什麼意思

根據需要從一級資料庫中蒐集物件的相關數回

據集合而成的就是答二級資料庫.

像genebank,embl這種都是不加選擇的一級資料庫,只要是實驗獲得的,不管什麼東西的序列,哪怕是不完整的序列都能上傳,而且它們的資料也有可能有重複.如果有某個人專門研究細菌的鑑定,需要用到正式被認可的16srdna序列,為了研究方便,把這些一級資料庫的各個種類細菌的公認標準16srdna序列的資料進行整理,重新構建了乙個資料庫,這就是所謂的二級資料庫.如果不構建,直接用一級資料庫做blast,就會得出很多未被承認甚至不完整的序列,還要人工乙個個看過去,找出公認的標準序列,這樣就很麻煩.

我舉得例子在現實中就是南韓的eztaxon.

生物資訊學mpss資料庫是什麼有什麼作用

生物資訊學中kog資料庫 是什麼意思 根據需要從一級資料庫中蒐集物件的相關數回 據集合而成的就是答二級資料庫.像genebank,embl這種都是不加選擇的一級資料庫,只要是實驗獲得的,不管什麼東西的序列,哪怕是不完整的序列都能上傳,而且它們的資料也有可能有重複.如果有某個人專門研究細菌的鑑定,需要...

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