1樓:華源網路
當進行轉錄組學資料分析時,會發現有兩種資料。一種被稱為晶元資料(microarray data),另一種是下一代測序技術(ngs)得到的資料(eg,二代測序,三代測序)。
目錄
1. microarray: 晶元資料。
2. ngs (next generation sequencing)
3. rna-seq的應用。
原理:基於分子雜交技術,主要是依靠印刷有螢光標記探針的基因晶元來實現。比如說基因組晶元,它高密度的整合了解像度高達幾bp~100bp的探針,通過與樣品雜交螢光顯色的辦法來刻畫轉錄組的資訊。
直接對cdna進行測序。下一代測序(next generation sequencing,ngs)又名高通量測序(high-throughput sequencing),是相對於傳統的桑格測序(sanger sequencing)而言的。
rna-seq即對轉錄組進行測序和分析。一般來說在研究所會委託公司測序得到資料自己進行後續的生信分析(質控,mapping,差異基因表達分析,snv分析等)。rna-seq有著巨大的應用前景。
多圖詳解rnaseq轉錄組測序分析原理
2樓:張三**
今天下午要去師兄開的公司跟小夥伴們見面交流,提前收集了他們感興趣的問題(見留言),這次講講第三點—rna測序原理,包括測序原理及平臺的選擇,通用有參無參轉錄組分析流程,部分軟體的演算法原理等等。
密碼:vwyi (約45m)(ppt以pdf那本書為脈絡,這本書還是看panda姐的推薦才知道的,查了查該出版社出的書寫得都很好,再次推薦~)
以下是這次講解的ppt內容節選(全部共44頁):
測序原理可以在優酷上搜「illumina二代測序原理」「陳巍學基因」
伍凳 穗困 腔族旅。
參考 組裝演算法綜述。
常規轉錄組測序和數字基因表達譜測序(rna-seq)有什麼不同?初接觸,很多不懂。。
3樓:
基本目的是類似的。不同之處在於測序的模板序列,前者是直接隨機測序cdna庫,後者是先把模板按照一定方法打斷(例如酶切或其他),只從打斷位置開始測序,測序片段短,但相應深度更高。
如果你已經有參考基因組,使用所謂「表達譜」測序是可以的。此外,表達譜方法更便宜,但個人覺得適用性不如轉錄組廣泛,可做的分析有限。
分子生物學初步,謝謝啊,有關rna的
4樓:匡雅霜
你搜尋guide rna 或者 嚮導rna,應該會有很大的收穫。(一般叫嚮導rna,叫指導rna的比較少見,網上搜不到什麼東西。)
這個已經總結的很好了,不介意我複製貼上一些內容吧~見下面:
引導rna的rna分子,長度大約是60~80個核苷酸,是由單獨的基因轉錄的,具有3'寡聚u的尾巴,中間有一段與被mrna精確互補的序列,5'端是乙個錨定序列,它同非的mrna序列互補。在時,形成乙個體(editosome),以grnas內部的序列作為模板進行轉錄物的校正,同時產生的'端的oligo(u)尾可作為被新增的u的供體。
1)在grna的5『末端有一段錨定區,以特殊的g-u配對方式與pre-mrna序列互補,錨定序列促進grna與pre-mrna中的區互補,特意結合;
2)在grna分子的中間部位也有乙個區負責在被的pre-mrna分子中插入u的位置;
3)在grna分子的3』末端,有一段轉錄後加入的由大約15個非編碼的polyu序列,功能為把grna鏈結到pre-mrna的區的5『上游富含嘌呤鹼基的核苷酸序列上。
5樓:姐姐_弟弟愛你
簡單點來說就是rna酶。它與某些蛋白質及其他輔酶共同促進mrna的修飾,加工……
直接從dna轉錄下來的mrna不成熟,不能夠翻譯成蛋白質,需要進一步的修飾。包括切除內含子,3'末端連上多個尿吡啶核糖核甘酸…… 並不是rna的轉錄。
怎麼知道測序資料是轉錄組還是基因
怎麼知bai道測序資料是轉錄組du還是基因zhi 轉錄組學的研究物件包括 daomrna和非編碼內rna等。新一代高通量測序技術可以 容全面快速地獲得特定細胞或組織在某乙個狀態下幾乎所有轉錄本的序列資訊和表達資訊,從而準確地分析基因表達差異 基因結構變異 篩選分子標記 snps或ssr 等生命科學的...
學設計的基本基礎是什麼,學設計的基本基礎是什麼
本人畢業于川美,從事設計工作7年,從這些年的設計經驗中總結 學設計有個共同的特點1.美學基礎 平面構成,色彩構成,空間構成 不管你以後要學平面設計也好,還是藝術設計,或者建築設計,都必須要懂這三大構成。2.對設計的興趣 總喜歡去發現生活中的美醜,有專業的判斷能力,並試圖以自己的思維去改變它,這也是我...
何為逆轉錄?它具有什麼生物學意義
逆轉錄是以rna為模板合成dna的過程,即rna指導下的dna合成。此過程中,核酸合成與轉錄 dna到rna 過程與遺傳資訊的流動方向 rna到dna 相反,故稱為逆轉錄。逆轉錄的生物學意義 1 對分子生物學的中心法則進行了修正和補充。2 在致癌病毒的研究中發現了癌基因,在人類一些癌細胞如膀胱癌 小...